1. Virus atau bakteri yang dilemahkan
Beberapa vaksin, seperti vaksin campak, gondongan, dan cacar air (varisela) misalnya, menggunakan virus hidup yang telah dilemahkan.
2. Virus/bakteri yang mati atau dinonaktifkan
Vaksin lain menggunakan bakteri atau virus yang dinonaktifkan (dimatikan). Vaksin polio dibuat dengan cara ini.
3. Toksoid
Ada beberapa jenis bakteri yang menimbulkan penyakit dengan memasukkan racun ke dalam aliran darah. Jenis vaksin toksoid, seperti vaksin difteri dan tetanus, dibuat dengan menggunakan racun bakteri yang telah dilemahkan.
4. Aseluler dan subunit
Vaksin aseluler dan subunit dibuat dengan menggunakan hanya sebagian dari virus atau bakteri. Vaksin hepatitis dan hemofilus influenza tipe b (Hib) dibuat dengan cara ini.